После создания сделки по умолчанию установлен режим «Автоматически», то есть сумма будет равна стоимости всех товаров, которые добавлены в эту сделку.
Можно перейти к режиму «Вручную», то есть вручную заполняете сумму, товар на сумму не влияет.
Отредактируйте поле Сумма. Кликните по нему дважды мышкой и введите значение.